中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究

doi:10.11853/j.issn.1003.4692.2015.06.001

中国媒介生物学及控制杂志 ›› 2015, Vol. 26 ›› Issue (6): 541-544.DOI: 10.11853/j.issn.1003.4692.2015.06.001

• 论著 • 下一篇

中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究

王艳华, 彭遥, 夏连续

中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室, 传染病预防控制国家重点实验室, 北京 102206

收稿日期:2015-06-29 出版日期:2015-12-20 发布日期:2015-12-20
作者简介:王艳华,女,博士,研究员,从事细菌性感染的病原学及分子生物学研究,Email:wangyanhua@icdc.cn
基金资助:
国家自然科学基金(81473032); 国家“十二五”科技重大专项课题(2012ZX10004219-007)

Studies on the unique repeat numbers of the VNTR in Chinese Francisella tularensis

WANG Yan-hua, PENG Yao, XIA Lian-xu

State Key Laboratory of Infectious Disease Prevention and Control, Department of Plague, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 102206, China

Received:2015-06-29 Online:2015-12-20 Published:2015-12-20
Supported by:
Supported by the National Natural Science Foundation of China (No. 81473032) and Major National Science and Technology Projects of China (No. 2012ZX10004219-007)

摘要/Abstract

摘要：

目的采用多位点可变数目串联重复分析(MLVA)方法研究中国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的遗传特征。方法根据以往文献,选取对B型土拉菌分辨力较高的12个数目可变串联重复多态性(VNTR),对10株中国土拉菌和29株已公布测序的参考菌株进行MLVA分型研究。结果 MLVA分析显示,中国菌株在4个VNTR位点具有特有的重复数:Ft-M3重复数是5,Ft-M18 重复数是1,Ft-M20重复数是2,Ft-M21重复数是2。12个VNTR位点组合分析,得出重复数比较接近的是:410108和日本FSC022;410112、410113和德国F92;410116、410117和美国OSU18、俄罗斯LVS。结论根据特有的重复数,通过检测Ft-M3、Ft-M18、Ft-M20和Ft-M21位点,可以把中国本土土拉菌和国外土拉菌区分开。另外,相对于欧美国家和日本,中国土拉菌具有更多的遗传多样性。

关键词: 土拉弗朗西斯菌holarctica亚种, 土拉热, 多位点可变数目串联重复分析, 数目可变串联重复多态性

Abstract:

Objective To explore the genetic feature of Chinese Francisella tularensis using MLVA (multiple-locus variable number tandem repeat analysis). Methods Based on previous studies, 12 VNTR (variable number of tandem repeats) were selected that have higher resolving power on type B, and MLVA typing was conducted on 10 strains of Chinese F. tularensis and 29 reference strains that have been sequenced and published. Results The MLVA analysis indicated that Chinese F. tularensis has the unique copy numbers at the four VNTR: the copy number of repeat motif is 5 at the Ft-M3, and that is 1 at the Ft-M18, 2 at the Ft-M20, and 2 at the Ft-M21. Combined 12 VNTR analysis showed that the copy numbers of repeat motif were similar among some F. tularensis strains as follow:410108 and Japanese FSC022; 410112, 410113 and German F92; 410116, 410117 and American OSU18, Russian LVS. Conclusion By examining the 4 VNTR i.e. Ft-M3, Ft-M18, Ft-M20 and Ft-M21, a given isolate can be determined whether it is indigenous to China according to the unique copy numbers of repeat motif. In addition, the Chinese F. tularensis has higher genetic diversity comparing with F. tularensis from Europe, USA and Japan.

Key words: Francisella tularensis subsp. holarctica, Tularemia, Multiple-locus variable number tandem repeat analysis, Variable number of tandem repeats

中图分类号:

王艳华, 彭遥, 夏连续. 中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2015, 26(6): 541-544.

WANG Yan-hua, PENG Yao, XIA Lian-xu. Studies on the unique repeat numbers of the VNTR in Chinese Francisella tularensis[J]. Chines Journal of Vector Biology and Control, 2015, 26(6): 541-544.

参考文献

[1] Achtman M. Evolution,population structure,and phylogeography of genetically monomorphic bacterial pathogens[J]. Annu Rev Microbiol,2008,62:53-70.
[2] Li WJ, RaoultD, FournierPE.Bacterial straintypinginthe genomic era [J]. FEMS Microbiol Rev,2009,33(5):892-916.
[3] Staples JE, Kubota KA, Chalcraft LG, et al. Epidemiologic and molecular analysis of human tularemia,United States,1964-2004[J]. Emerg Infect Dis,2006,12(7):1113-1118.
[4] Gerner-Smidt P,Hise K,Kincaid J,et al. PulseNet USA: a five-year update [J]. Foodborne Pathog Dis,2006,3(1):9-19.
[5] García DelBlanco N, Dobson ME, Vela AI, etal.Genotyping of Francisella tularensis strains by pulsed-fieldgel electrophoresis,amplified fragment length polymorphism fingerprinting, and 16S rRNA gene sequencing[J]. J Clin Microbiol,2002,40(8):2964-2972.
[6] Farlow J, Wagner DM, Dukerich M, et al. Francisella tularensis in the United States[J]. Emerg Infect Dis,2005,11(12): 1835-1841.
[7] Farlow J, Smith KL, Wong J, et al. Francisella tularensis strain typing using multiple-locus, variable-number tandem repeat analysis[J]. J Clin Microbiol,2001,39(9):3186-3192.
[8] JohanssonA, FarlowJ, LarssonP, etal.Worldwidegenetic relationships among Francisella tularensis isolates determined by multiple-locus variable-number tandem repeat analysis[J]. J Bacteriol,2004,186(17):5808-5818.
[9] TomofeevVS,KudryavtsevaTY,MokrievichAN,etal. Francisella tularensis strains molecular typing using the multiple-locus variable-number tandem repeat analysis[J]. Mol Gen Mikrobiol Virusol,2014 (1): 8-15.
[10] Hunter PR,Gaston MA. Numericalindexofthediscriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity[J]. J Clin Microbiol,1988,26(11):2465-2466.
[11] Marinov KT, Georgieva ED, Ivanov IN, etal.Characterization and genotyping of strains of Francisella tularensis isolated in Bulgaria[J]. J Med Microbiol,2009,58(Pt 1):82-85.
[12] Fujita O, Uda A, Hotta A, et al. Genetic diversity of Francisella tularensis subspecies holarctica strains isolated in Japan[J]. Microbiol Immunol,2008,52(5):270-276.
[13] Fujita O, Hotta A, Uda A, et al. Identification of the source of Francisella tularensis infection by multiple-locus variable-number tandem repeat analysis[J]. Jpn J Infect Dis,2013,66(6):543-545.

[1]	孙钦同, 韩英男, 刘言, 王学军, 刘峰, 赖世宏, 景晓. 山东省登革热媒介白纹伊蚊生态学调查分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2022, 33(1): 16-20.
[2]	李天奇, 刘钦梅, 吴瑜燕, 罗明宇, 王金娜, 龚震宇. 浙江省登革热重点地区2020年白纹伊蚊幼蚊种群密度监测分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2022, 33(1): 21-24.
[3]	魏超, 马海芳, 廖宁, 熊绮梦. 广西壮族自治区2020－2021年登革热媒介伊蚊密度专项调查结果分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2022, 33(1): 25-29.
[4]	赵春春, 周欣欣, 李文玉, 伦辛畅, 刘小波, 吴海霞, 王君, 刘起勇, 孟凤霞. 2020年中国13省份登革热媒介白纹伊蚊抗药性监测及分析研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2022, 33(1): 30-37.
[5]	郑宇婷, 杨春梅, 杨明东, 姜进勇. 云南边境地区登革热媒介伊蚊生态学及抗药性监测[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2022, 33(1): 38-43.
[6]	涂涛田, 肖汉森, 孟凤霞, 刘起勇, 刘小波, 何亚明, 季恒青. 重庆市2019年登革热暴发疫情应急控制后媒介伊蚊抗药性调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2022, 33(1): 44-47.
[7]	伦辛畅, 杨锐, 吴海霞, 王君, 刘起勇, 孟凤霞. 2005－2019年云南省缅甸登革热输入病例流行特征分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2022, 33(1): 108-113.
[8]	王彦丁, 李志强, 吴迪, 贡鑫然, 杨美涛, 张文义, 王勇. 基于中国知网的2011－2021年中国登革热研究进展与热点分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2022, 33(1): 114-119.
[9]	王朝阳, 陈小芳, 程功. 媒介蚊虫唾液蛋白调控蚊媒病毒传播的研究进展[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(6): 653-659.
[10]	周济华, 张云智, 章域震, 杨卫红, 冯云. 云南省2012－2020年肾综合征出血热流行特征分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(6): 715-719.
[11]	魏春, 郭小连, 杨锐, 唐烨榕, 岳玉娟, 刘小波, 刘起勇. 云南省2013－2020年登革热流行及聚集特征分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(6): 720-724.
[12]	唐娜, 董洋洋, 马建, 陈芝君, 戴罗桓, 阳益德, 贺权源, 周军华. 气象因素与登革热发病相关关系的Meta分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(6): 725-731.
[13]	王艳华, 孙英伟, 毛玲玲, 王子江, 张家勇, 张稷博, 彭遥, 夏连续. 我国部分地区蜱体弗朗西斯菌属和弗类共生体的检测研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(6): 756-762.
[14]	母群征, 李欣颖, 刘蓉蓉, 杨军, 栗冬梅, 鲁亮, 李贵昌, 侯咏, 李明, 宋秀平, 孟凤霞, 刘起勇. 黑龙江省黑河市部分地区啮齿动物体表寄生恙螨调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(5): 570-575.
[15]	杨小娜, 张琳, 侯学霞, 郝琴. 16S rDNA全长高通量测序在蜱媒病原生物多样性研究中的应用[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(4): 404-411.

中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究

Studies on the unique repeat numbers of the VNTR in Chinese Francisella tularensis

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价