鼠疫耶尔森菌基因组核糖体结合部位识别

中国媒介生物学及控制杂志 ›› 2012, Vol. 23 ›› Issue (6): 503-505,511.

鼠疫耶尔森菌基因组核糖体结合部位识别

王宇萌, 俞东征

中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室, 传染病预防控制国家重点实验室, 北京 102206

收稿日期:2012-04-29 出版日期:2012-12-20 发布日期:2012-12-20
基金资助:
国家科技重大专项课题(2008ZX10004-001); 卫生行业科研专项鼠疫流行病学新技术研究与应用(201202021)

Identification of ribosomal binding sites in Yersinia pestis genome

WANG Yu-meng, YU Dong-zheng

State Key Laboratory for Infectious Diseases Prevention and Control, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 102206, China

Received:2012-04-29 Online:2012-12-20 Published:2012-12-20
Supported by:
Supported by the Major National Science and Technology Projects of China (No. 2011ZX10004-001) and Grant from the Ministry of Health of the People’s Republic of China (No. 201202021)

摘要/Abstract

摘要： 目的通过统计分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)CO92株中核糖体结合位点(RBS)与翻译起始位点的距离, 探索最适合翻译起始的RBS与起始位点的距离。方法通过对鼠疫菌所有拷贝的16S rRNA 3′端, 及已经通过实验确定的177处RBS进行分析, 确定鼠疫菌RBS的序列特征。统计鼠疫菌CO92株中存在的所有RBS序列的位置和数量, 及RBS序列与翻译起始序列ATG(GTG, TTG, CTG)的距离。观察已经公布的CO92株的编码序列(CDS)片段前20个碱基序列的特征。结果在CO92的全基因组序列中搜索, 共发现可能的RBS结构5081个, 2909个后面一段距离内存在开放读码框架, 其中1541与标注的CDS相符, 535与标注的CDS终止位点相同, 但起始位点不同。CO92序列中的3887 CDS前面20个碱基中, 57.7%含有RBS序列。结论 RBS序列与起始位点间隔7个碱基和8个碱基出现的次数最多;RBS可能作为基因识别的重要指征。

关键词: 核糖体结合位点, 翻译起始, 鼠疫耶尔森菌

Abstract: Objective To determine the optimal distance between ribosomal binding site (RBS) and translation initiation site (TIS) by statistical analysis of RBS-TIS distances in Yersinia pestis CO92. Methods All copies of 3′-terminal 16S rRNA and 177 annotated RBS sequences in CO92 were analyzed to identify the characteristics of Y. pestis RBS sequences. The positions and number of all RBS sequences in CO92 and their distances from the TIS ATG (GTG, TTG, CTG) were determined by statistical analysis. The characteristics of the 20 upstream bases in the annotated coding DNA sequences (CDSs) in CO92 were observed. Results A total of 5081 potential RBS sequences were found in CO92 genome. Of the 5081 RBS sequences, 2909 had downstream open reading frames (ORFs); of the 2909 RBS sequences, 1541 had the ORFs identical to the annotated CDSs, and 535 had the same termination sites as the annotated CDSs but had different initiation sites. In the 20 upstream bases of 3887 annotated CO92 CDSs, 57.7% contained RBS sequences. Conclusion The most frequent distances between RBS and TIS were 7 and 8 bases in CO92 genome. RBS can be an important gene index for identification.

Key words: Ribosomal binding site, Translation initiation, Yersinia pestis

中图分类号:

R254.8

王宇萌, 俞东征. 鼠疫耶尔森菌基因组核糖体结合部位识别[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2012, 23(6): 503-505,511.

WANG Yu-meng, YU Dong-zheng. Identification of ribosomal binding sites in Yersinia pestis genome[J]. Chines Journal of Vector Biology and Control, 2012, 23(6): 503-505,511.

[1]	李博, 崔燕, 刘遵季, 古丽阿依·包凯西, 罗勇军, 麦迪娜·肖开提, 王启果, 雒涛. 新疆鼠疫菌株多位点可变数目串联重复序列基因分型研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(6): 666-671.
[2]	王海峰, 陈永明, 周松, 牛艳芬, 杨晓燕, 张懿晖, 刘广, 杜国义, 刘合智, 史献明. 成簇的规律间隔短回文重复序列技术在鼠疫菌基因分型中的应用[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(1): 30-33.
[3]	李存香, 张青雯, 辛有全, 祁芝珍, 金星, 冯建萍, 李胜, 吴海莲, 赵海红, 代瑞霞. 携带噬菌体的鼠疫耶尔森菌菌落形态研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(6): 699-701.
[4]	李胜, 何建, 杨晓艳, 辛有全, 靳娟, 张琪, 柏吉祥, 杨汉青, 吴海莲, 代瑞霞. 甘肃省鼠疫耶尔森菌对11种抗菌药物体外抑菌活性研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(5): 536-539.
[5]	吴海生, 吴海莲, 杨晓艳, 李存香, 熊浩明, 何建, 李翔, 徐小青, 代瑞霞, 张青雯. 青海省海北藏族自治州鼠疫耶尔森菌病原学分析及流行病学意义[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2019, 30(1): 35-39.
[6]	王海峰, 周松, 刘合智, 刘晓伟, 杨顺林, 杜国义, 史献明. 河北省康保县2017年分离的3株鼠疫菌株基因分型及流行病学分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2019, 30(1): 40-42.
[7]	王海峰, 张懿晖, 杨晓燕, 刘溢洋, 牛艳芬, 刘广. 两种基因分型方法在河北省鼠疫耶尔森菌基因分型中的应用研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(6): 564-566.
[8]	高斌, 张涛. 银川市1970-2014年鼠疫自然疫源地调查结果分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(6): 654-656.
[9]	王海峰, 周松, 李玉贵, 白雪薇, 孙睿, 胡乐乐. 利用差异区段分型方法对沙鼠型鼠疫菌和鼠疫菌EV76疫苗株进行鉴定[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(5): 436-438.
[10]	祁腾, 梁莹, 杨军, 罗隆泽, 李帆, 汪立茂, 李伟. 四川省新龙县鼠疫耶尔森菌差异区段分型研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(5): 442-444.
[11]	冯建萍, 郭文涛, 杨建国, 李存香, 赵海红, 金星, 辛有全, 金丽霞, 熊浩明, 祁芝珍. 5种干粉培养基对鼠疫耶尔森菌生长的影响[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(3): 303-304.
[12]	何建, 杨晓艳, 李胜, 靳娟, 张琪, 辛有全, 金泳, 熊浩明, 杨汉青, 魏柏青, 代瑞霞, 祁芝珍. 西藏自治区鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌耐药及耐消毒剂基因的研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(1): 61-63.
[13]	史献明, 杜国义, 王治宇, 杨顺林, 王海峰, 周松, 刘冠纯, 谢树军, 姚剑坤, 崔树学, 杨建明, 张懿晖. 河北省鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌变异性研究进展[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(1): 100-102.
[14]	高少坤, 杜国义. 动物鼠疫流行静息期与鼠疫质粒变异关系的探讨[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(5): 512-514.
[15]	贺金荣, 张渝疆, 王宇萌, 蔡虹, 张志凯, 李伟, 梁莹. 新疆地区58株鼠疫耶尔森菌规律聚集的间隔短回文重复位点多态性分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(3): 233-237.